Онкогеномика. Мастер-класс проф. Д.В. Залетаева
Молекулярные маркеры
ДНК-диагностика на доклинической стадии
Проспективная диагностика основана на исследовании ДНК из плазмы крови, мокроты, слюны, желудочного сока, мочи, кала и мазков из половых путей. Механизмы выхода ДНК в плазму крови не совсем ясны, возможно, это следствие некроза или апоптоза. Свободная ДНК в периферической крови онкологического больного составляет около 200-400 нг/мл, в норме ее на порядок меньше.
Аномальное метилирование является одним из наиболее ранних событий в геноме трансформированной клетки. Аномальное метилирование гена Р16 – достаточно частый маркер при различных типах рака легкого. Обнаруживается в мокроте задолго до клинических проявлений (за 3-5 лет). Метилирование этого же гена Р16 в совокупности с наличием 16 и 18 типов вируса папилломы человека с высокой вероятностью свидетельствует о развитии рака шейки матки.
О начальных этапах развития рака слизистой желудочно-кишечного тракта свидетельствуют микросателлитная нестабильность и метилирование гена MLH1, определенные в плазме крови и/или в образцах ректального смыва.
Функциональная инактивация генов APC, CDKN2A и наличие вируса папилломы человека неизбежно приводит к раку пищевода.
С высокой вероятностью о злокачественном процессе свидетельствует аномальное метилирование генов RB1, Р16, MLH1, CDH1, микросателлитная нестабильность и потеря гетерозиготности по определенным хромосомным районам, мутации генов Р53, K-RAS и др. в плазме крови.
В 92% случаев гепатоцеллюлярного рака обнаруживается метилирование генов Р15 и Р16, как по отдельности, так и вместе. Если метилирование в опухоли было подтверждено, то в плазме метилирование этих генов обнаруживается в 74%, в крови – в 87%, в желчи – в 100%. Выявление в плазме метилирования этих генов после лечения свидетельствовало о рецидиве заболевания. При онкогематологических заболеваниях метилирование этих генов также может указывать на рецидив.
Метилирование Р16 в сыворотке или плазме характерно для рака мочевого пузыря, легкого, шейки матки и колоректального рака.
Для рака желудка характерно метилирование генов CDH1, Р15, Р16, DAPK1, GSTP, как по отдельности, так и в виде панели (100%).
Метилирование генов CDH1, Р16, DAPK1, RAR-β2, ARF, BCL2, MGMT, SFRP1, TERT, LAMC2,3 с чувствительностью, близкой к 100%, и специфичностью 100% определяется в моче пациентов при раке мочевого пузыря.
В моче пациентов при раке предстательной железы метилирование генов GSTP1, P16, P14, MGMT, RAR-β2, TIMP3, CDH1, RASSF1A определяется со 100% специфичностью. Метилирование GSTP при простатическом раке со 100% специфичностью определяется не только в сыворотке крови, но и в эякуляте и в моче.
В моче пациентов при раке почки определяется метилирование генов VHL, GSTP1, P16, MGMT, RAR-β2, CDH1, RASSF1A.
Метилирование генов CCND2, TWIST и RAR-β2 определяется в смыве при лаваже протоков у больных раком молочной железы.
Метилирование генов Р16, DAPK1 и MGMT определяется в слюне пациентов с опухолями головы и шеи.
Разработка стандартных наборов ДНК-маркеров позволяет эффективно проводить скрининг и мониторинг заболевания.
